Die Ver­wal­tung und Be­wa­chung der Kon­zen­tra­ti­ons­la­ger ist ei­ne zen­tra­le Auf­ga­be der SS (Schutz­staf­fel). Hier­für wer­den An­ge­hö­ri­ge der SS-To­ten­kopf­ver­bän­de ein­ge­setzt. Die SS ver­steht sich als ideo­lo­gi­scher Or­den und ras­si­sche Eli­te.

Der Reichs­füh­rer SS Hein­rich Himm­ler ent­wi­ckelt die SS zu ei­ner kom­ple­xen Or­ga­ni­sa­ti­on. Ih­re Auf­ga­ben rei­chen von Sied­lungs­po­li­tik bis zur »Geg­ner­be­kämp­fung« und sys­te­ma­ti­schen Er­mor­dung von An­ge­hö­ri­gen so ge­nann­ter »min­der­wer­ti­ger Ras­sen«. Zu­dem ver­fügt die SS über ei­ge­ne Wirt­schafts­un­ter­neh­men.

Die To­tenvkopf­ver­bän­de in ei­nem Kon­zen­tra­ti­ons­la­ger glie­dern sich in Kom­man­dan­tur­stab und Wach­sturm­bann. An der Spit­ze des La­gers steht der Kom­man­dant. Er ent­schei­det zu­sam­men mit ihm un­ter­ge­ord­ne­ten Ab­tei­lun­gen über das Schick­sal der Häft­lin­ge.

Die SS-Mann­schaf­ten sind für die Be­wa­chung der Ge­fan­ge­nen zu­stän­dig.

Im Kom­man­dan­tur­stab des KZ Flos­sen­bürg ar­bei­ten et­wa 90 SS-An­ge­hö­ri­ge. Die Wach­mann­schaf­ten er­rei­chen bis Früh­jahr 1940 ei­ne Stär­ke von et­wa 300 Mann. Die­se wächst mit dem Aus­bau der Au­ßen­la­ger auf et­wa 2.500 Män­ner und 500 Frau­en im Jahr 1945 an. Nach Kriegs­be­ginn wer­den vie­le jün­ge­re SS-Män­ner an die Front ver­setzt. Die SS-Füh­rung ver­pflich­tet nun äl­te­re Män­ner, Luft­waf­fen­sol­da­ten, An­ge­hö­ri­ge an­de­rer Na­tio­nen und Frau­en zum Ein­satz in den Kon­zen­tra­ti­ons­la­gern.

Nach dem Krieg er­hal­ten die meis­ten SS-An­ge­hö­ri­gen des KZ Flos­sen­bürg für ih­re Ver­bre­chen nur ge­ring­fü­gi­ge Stra­fen.