Baracca della quarantena in Flossenbürg dopo la liberazione, 30 Aprile 1945 (National Archives, Washington D. C.)

A metà del 1944, la SS cominciò a evacuare i campi di concentramento nell’Europa occupata. Così giganteschi trasporti di deportati cominciarono ad arrivare a Flossenbürg.

I detenuti dei campi di concentramento, a partire da questo momento, furono la sola riserva di lavoro disponibile per l'industria bellica. Le condizioni nel campo continuarono a deteriorarsi a causa del sovraffollamento permanente. Alla fine del 1943, oltre 3.300 prigionieri si trovavano a Flossenbürg; un anno dopo, il numero superava già le 8.000. Il 1° marzo 1945, il campo conteneva 15.445 persone.

A causa della evacuazione dei campi di concentramento di Auschwitz, Gross-Rosen e Plaszow, migliaia di prigionieri ebrei furono deportati a Flossenbürg per la prima volta dal 1942. Altri 3.000 polacchi arrivarono dopo che la rivolta di Varsavia era stata schiacciata.


I nuovi arrivati a Flossenbürg furono confinati nei blocchi di quarantena. Ognuna di queste baracche ospitava fino a 1.500 prigionieri. Coloro che furono assegnati a un Kommando di lavoro furono impiegati alla Messerschmitt a Flossenbürg oppure in uno dei numerosi sottocampi appena aperti. La SS trasferiva tutti gli inabili al lavoro alle baracche della morte 22 e 23. Durante l'inverno del 1944, le malattie, la fame e la stanchezza provocarono un rapido aumento del tasso di mortalità. Nell'ultimo anno di guerra, morirono più detenuti che in qualsiasi altra fase.